2011年11月，素有“打假斗士”之称的科普作家方舟子在自己的微博上直指李开复的“副教授”身份涉嫌造假。

李开复在自传《世界因你不同》中写道：26岁的我，在恩师的盛情邀请之下选择留校任教，成为卡内基·梅隆大学最年轻的副教授。

方舟子在微博中表示，从李开复那段时期的论文作者简历来看，他在当时职位只是“Research Computer Scientist”(一般指博士后)，而并非如他所言是“Assistant Professor”(助理教授)或副教授。

随后，李开复在微博上做出了6点正式回应，总结自己获得职称的整个过程，并给出了相应证据。

李承鹏

2012年，以学术打假著称的科普作家方舟子发微博质疑“李承鹏代言的蓝光地产在南充曾涉及强制拆迁项目”，方舟子引用的网帖称：“公安与大批政府城管执法者打着旧城改造抢掠强制拆除了四家老百姓的住宅。”

李承鹏回应：1、如强拆就是坏开发商，谴责！2、即使不知情也有失察之责，郑重道歉！3、该公司有很多项目，该项目在成都，与南充无关，但我也道歉！接着，李承鹏在微博贴出一封《我的道歉》，做出全面回应。

贺卫方

同年，方舟子盯上了在中国法学界颇有名气的北大教授贺卫方。贺卫方主张中国的司法独立，致力于倡导司法改革，经常在文章和公众演讲中传播宪政及民主思想，被称作“中国启蒙文人”中的代表。 而方舟子批评贺卫方是“法学界的水货”，他在回应某网友“自1993年来贺卫方没有在期刊上发表一篇学术文章”的话时说：“既然贺卫方20年不发论 文，他是怎么当的北大法学教授？”

方舟子表示，他几年前就曾质疑过贺卫方的某些学术不端行为。 他说：“比如说把一篇论文重复发表了三次，而且是一篇好几年前的论文。所以贺卫方这十几年来，近20年来已经基本不做学术了。”

不过在网上仍有许多人力挺贺卫方。一些网民很快在互联网上的期刊数据库中搜索出署名贺卫方的多篇文献。曾经师从贺卫方的中国政法大学副教授、哈佛法 学硕士仝宗锦就在网上搜索出了贺卫方过去20多年来在学术期刊上发表的部分论文目录，其中收录了贺卫方在《中国社会科学》、《中外法学》等刊物上发表的28篇文章。