治理西北

通过上游水源涵养，沿河完善管网截污、污水处理提标改造、初期雨水调控、补充生态基流，下游污染底泥清淤和湿地旁通净化等综合措施，减轻入河负荷、降低氮磷浓度。

保护西南

加强巢湖清流来源保护，对维系巢湖生命和活力意义重大。通过上游水源涵养和水土保持，中游开展灌区节水减排、畜禽清洁养殖、农村生活污水控制，下游布设湿地旁通净化系统等综合措施，促使入河污染负荷不增加，保障断面水质处于良好状态。

连通东南

巢湖东南部的西河、兆河是巢湖流域现状重要排洪通道，也是现状巢湖可利用的应急引江线路。通过疏浚兆河和西河断面，实施黄陂湖退渔还湖等，实现应急补水引流，配合今后的引江济淮，逐步加大江水入湖规模。

修复环湖

环巢湖滨湖带岸线承担着防洪、挡浪、景观和水质净化、生物栖息等重要生态功能。通过崩岸生态防护、河口污泥清淤、环湖湿地建设、湖区藻水分离、受损矿山修复、农村垃圾收集、环湖防汛交通等修复措施，改善滨水岸线环境。

防治东北

巢湖东北部既有污染较重的拓皋河、双桥河等，威胁巢湖饮用水源地保护、污水达标排放、农田尾水处理、城区水系沟通、环湖湿地建设等防治措施，改善河湖水质。