沪港通将设有额度，控制跨境资金流的初期速度及规模。额度包括两个部分，每日额度及总额度。每日额度为在沪港通计划下，每日沪股最高买盘净额，每日额度将会在交易时段内实时计算。额度使用实行先到先得原则，额度使用量以“净买盘”计算，即买盘总额减去卖盘总额的净额。

根据港交所提供的视频资料，总额度指通过沪港通流入内地股市的最高资金总额。计划推出初期，北向买卖沪股，即沪股通的每日额度为130亿元人民币，总额度为3000亿元人民币。若总额度的余额少于每日额度的130亿元人民币，沪股通当天将不再接受新买盘订单。不过，卖盘将不受限制，香港及海外投资者仍可以卖出他们手上的A股。

沪港通的一大特色，是尽可能以当地市场规则为本，因此香港投资者根据计划跨境买卖上海A股的交易时间将按照上海证券交易所的交易时间。因应上海与香港证券交易所之间可能出现的轻微时钟误差，香港联合交易所将于内地市场早市及午市开市前五分钟起接纳沪港通订单，因此，香港的券商可于早上9:10及下午12:55开始输入沪股订单。