9·11事件后，拉登的生死成了一个谜。2004年3月18日，美国众议院曾一致通过一项法案，将提供线索导致拉登被捕的赏金从2500万美元增加到5000万美元。

美国于2001年展开对拉登的抓捕行动，随后其生死和行踪一度成为人们关注的焦点，他曾5次被宣布“死亡”。

他最早被爆出死亡消息还要追溯到2002年初，当时巴基斯坦总统穆沙拉夫称拉登可能已经死于肾病，因为他将一台透析机带进了阿富汗。不过，卡塔尔半岛电视台后来收到的录像带却明明白白地表明拉登还很健康。

仅仅大半年后，2002年9月，基地组织的两名重要成员在接受卡塔尔半岛电视台采访时一再强调拉登还活着，但记者随即从他们话语露出的马脚推测：拉登很可能已经死了，但这种说法最后又被事实否定。

到了2003年12月，美国前国务卿奥尔布赖特向媒体暗示，布什政府已经抓到拉登，只是等待恰当的时机公布，但次日她又一口咬定自己是开玩笑。

2004年2月，伊朗国家广播电台又爆出消息：“可靠的”消息来源称拉登在很久以前就已经在巴基斯坦北部的部落控制地区被抓获。不过，巴基斯坦军方发言人和五角大楼随后都否认了这一说法。

时隔2年多，2006年9月，法国《共和国东部报》援引法国情报机构的一份报告说，沙特阿拉伯方面确信，拉登已经于8月因为伤寒在巴基斯坦死亡，死亡原因是严重伤寒引起的内脏器官失能。但这种说法最后遭到法国外交部长的否认。

2011年5月1日，美国总统奥巴马宣布，“基地”组织领导人拉登已在美军当天的军事行动中被击毙。第六次被宣布死亡。